В сентябре 1425 года разбойники напали на монастырь. Было убито много монахов, но святой Ефрем остался жив, так как в этот период времени попросту отсутствовал. По прибытию в монастырь он похоронил собратьев и продолжил там жить. Уже через год турки вновь напали и взяли в плен Ефрема. Желая узнать о драгоценностях и золоте монастыря, они жестоко пытали монаха. По другим сведениям преподобномученика в течение 8 месяцев придавали неистовым истязаниям, вынуждая его отречься от Христа.
Отправился в мир иной Ефрем Новый 5 мая 1426 года. Он был распят мусульманами на дереве вниз головой, его проткнули «огненной» головней. То роковое дерево сохранилось и до наших времен, сегодня оно находится внутри специально возведенной часовни.
В январе 1950 года игумения Макария обрела мощи неизвестного подвижника. Женщина, возродившая монастырь, горячо молилась Господу, чтобы Всевышний дал ей ответ, кому принадлежат эти останки. По истечению некоторого времени Святой Ефрем являлся игумении во снах и наяву, рассказывая ей о своем житие и мученической кончине. С того времени монастырь стал называться обителью Ефрема Нового Чудотворца. Предстательством подвижника совершались многие чудотворные деяния. В архивной документации монастыря хранятся письма, рассказывающие о чудесных поступках святого. В марте 2011 года Священный Синод Константинополя причислил Ефрема Нового к лику святых. А в декабре этого же года имя святого было включено в месяцеслов с установлением дня празднования его памяти 5 (18) мая.